Matthias Eisenberg, begann seine musikalische Karriere als Organist in verschiedenen Kirchengemeinden im Alter von 9 Jahren. Nach fünf Jahren im Dresdner Kreuzchor studierte er bei Wolfgang Schetelich in Leipzig und erhielt 1978 sein A-Examen an der Hochschule für Musik "Felix Mendelssohn Bartholdy". Während seines Studiums gewann er mehrere internationale Wettbewerbe, darunter den Improvisationswettbewerb in Weimar.

1980 wurde er von Kurt Masur als 1. Organist nach Leipzig geholt und war gleichzeitig Cembalist des Leipziger Bachorchesters. Seine Erfolge außerhalb der DDR umfassen Auftritte beim Bachfest in Graz und an der internationalen Bach-Akademie in Stuttgart. Als Dozent unterrichtete er in Weimar und gab Gastkurse und Meisterklassen in Stockholm und Südamerika.

Nach einer Tournee des Bachorchesters in die Bundesrepublik Deutschland kehrte er 1986 nicht mehr in die DDR zurück. Er konzertierte weltweit als freischaffender Organist und Cembalist sowie als Partner von Kammerensembles und Sinfonieorchestern. Es folgten zahlreiche Rundfunk- und CD-Produktionen sowie Beteiligungen an Orgelneubauten und -renovierungen.

Von 1992 bis 2004 war Eisenberg Kirchenmusiker an St. Severin in Keitum auf Sylt. Danach wurde er Kantor und Organist im Schwesternkirchenverbund der Moritz-, Luther- und Johanniskirche in Zwickau. Nach gegensätzlichen Ansichten über die Ausübung des Kantorenamtes verließ er 2012 Zwickau und zog nach Straupitz im Spreewald.